Site-Auditor — проверяет в полуавтоматическом режиме позиции сайта по интересующим вас поисковым запросам
Проверка видимости сайта в Мегаиндексе — сервис бесплатный и позволяет посмотреть позиции вашего сайта по тем запросам, по которым он имеет хоть какую то видимость (находится в Топ 100 Яндекс или Гугла).
Проверка позиций в ТопВизоре — онлайн сервис Топвизор платный, но зато осуществляет проверку в полностью автоматическом режиме и в соответствии с заданными вами в настройках интервалами. Результаты проверок предоставляются в довольно удобном и наглядном виде.
Проверка позиций сайта в SE Ranking — платный сервис, в котором предусмотрена арендная плата за пользование его возможностями (есть возможность оплаты за отдельные проверки). Имеется вариант купить у них скрипт и установить его на свой сайт, чтобы самостоятельно производить съем позиций в неограниченном количестве и бесплатно.
Rankinity — очень неплохой инструмент для проверки позиций занимаемых сайтом в поисковых системах.